KT nutarė, kad teismas neįvertino visų reikšmingų aplinkybių abejodamas, ar Vyriausybė pagrįstai nepritarė J. Miliaus veiklos ataskaitai ir jį atleido. 
Tai yra jau antras kartas, kai dėl J.Miliaus atleidimo prašyta KT išaiškinimo.
KT pernai kovą paskelbė, kad Vyriausybės 2016 nutarimas dėl J.Miliaus atleidimo neprieštarauja Konstitucijai, tačiau nevertino, ar Vyriausybė pagrįstai nepritarė jo ataskaitai. Anot KT, tą ištirti turėtų J.Miliaus atleidimo bylą nagrinėjantis teismas.
 
Vilniaus apygardos administracinis teismas atnaujinęs bylos nagrinėjamą pernai birželį atmetė J.Miliaus skundą ir paskelbė, kad jo atleidimas buvo teisėtas. Pastarasis sprendimą apskundė LVAT teigdamas, kad teismas netyrė ir nesuformavo savo pozicijos dėl Vyriausybės sprendimo nepritarti veiklos ataskaitai pagrįstumo.
J.Milius bylinėjasi su Vyriausybe ir Veterinarijos tarnyba dėl, jo manymu, neteisėto atleidimo. Buvęs įstaigos vadovas prašė panaikinti nutarimą, kuriuo jis atleistas iš pereigų, grąžinti jį į darbą ir sumokėti vidutinį atlyginimą už laiką, kurį jis bus atleistas.
 
Teisėsauga J.Miliui yra pateikusi įtarimus piktnaudžiavimu tarnyba ir dokumentų klastojimu. Specialiųjų tyrimų tarnyba tiria įtarimus, kad šaldytus maisto produktus gaminanti Kauno bendrovė „Judex“ per parlamentarą „tvarkietį“ Petrą Gražulį siekė paveikti Maisto ir veterinarijos tarnybą, jog ši neskirtų nuobaudų už pažeidimus. Ikiteisminis tyrimas dar vyksta.
J.Milius savo kaltę neigia.