E. sveikatos sistema – tai skaitmenizuoti pacientų sveikatos duomenys (ligos istorijos įrašai, receptai, medicininės pažymos ir pan.) ir informacinės technologijos, kuriomis sudaroma galimybė šiais duomenimis keistis tarp gydymo ir kitų susijusių įstaigų („Sodra“, Valstybinė liginių kasa ir pan.). Lietuvoje e. sveikatos sistema buvo diegiama nuo 2005 m. trimis plėtros etapais, į jos kūrimą investuota beveik 40 mln. Eur.
 
Auditas parodė, kad naudojimasis sistema išlieka pasyvus, neišspręsta IT infrastruktūros trūkumo problema, nėra sukurtos visos būtinos e. sveikatos sistemai reikalingos sąsajos tarp įstaigų, stringa e. parašo naudojimas, nėra aiškus incidentų valdymo ir šalinimo procesas, užtikrinamos ne visos ypatingos svarbos asmens duomenų saugumo priemonės, kyla klausimų dėl sukurtos sistemos palaikymo ateityje.
 
Vienas strateginio valdymo trūkumų ir neracionalaus lėšų panaudojimo pavyzdžių – besidubliuojantys sprendimai. E. sveikatos sistemos regioninių projektų planavimo etape nebuvo išsamiai apsvarstytos lygiaverčių projektų sujungimo ir tiražavimo galimybės, todėl 8 regioniniuose projektuose, kurių vertė siekia beveik 2 mln. Eur, dalyvavusios asmens sveikatos priežiūros įstaigos atskirai kūrė, modernizavo ir finansavo 17 analogiškų IS funkcijų.
 
Auditoriai atkreipia dėmesį, jog 2015 m. patvirtinta 2015–2025 m. E. sveikatos plėtros programa, planuojamos investicijos sudaro apie 28 mln. Eur. Jos pagrindu planuojama toliau plėtoti e. sveikatos sistemą, tačiau, jei ši programa nebus peržiūrėta, bus susidurta su tomis pačiomis šios sistemos plėtros problemomis.
 
Aukščiausioji audito institucija Sveikatos apsaugos ministerijai pateikė rekomendacijas, padėsiančias užtikrinti sukurtos sistemos veikimą, taip pat rekomendavo, prieš pradedant naująjį sistemos plėtros etapą dar kartą įsivertinti klaidas ir numatyti priemones, užtikrinančias, kad naujajame plėtros etape būtų sukurtas tvarus sistemos valdymo ir finansavimo modelis.